Si cette recherche de remaniements se révèle non productive, une lecture systématique des gènes impliqués peut être entreprise à la recherche de mutations (cette technique est appelé un exome clinique). Le nombre de gènes analysés varie selon le questionnement et implique typiquement entre 100 et 5'000 gènes. Le rendement diagnostique dépend de la problématique sous-jacente et peut atteindre 50%. Une récente analyse documente les retombées positives et utiles de cette approche pour la prise en charge des patients et pour des décisions reproductives des apparentés (Genet Med 2020; 22:986-1004).

Deux stratégies sont envisagées:

l’une implique l’analyse conjointe des parents (analyse en trio), et accélère la découverte de mutations survenues pour la première fois chez l’enfant et qui ne sont pas présentes chez les parents (mutations de novo).
dans l’autre, les parents sont également analysés mais d’une façon ciblée seulement, pour établir de quelle manière la mutation préalablement identifiée est héritée (présente chez un ou les deux parents, absente chez les parents).

Genesupport - Anomalies du développement durant l'enfance